Der Grundstein für den Themenbereich Mystery wurde 1997 gelegt, als hinter den beiden Bobbahnen die Baustelle für das Mystery Castle sichtbar wurde. Ein Jahr später wurde der Bungee Drop fertig und lud die Besucher zu einer einzigartigen Vertikalfahrt inklusive eines freien Falls ein. Da das Mystery Castle die Höhenbestimmungen des Parks deutlich überragte, musste man das überschüssige Volumen dieser Attraktion an anderen Stellen wieder kompensieren.

Von 1998 bis 2001 beherbergte der Themenbereich Mystery ausschließlich das Mystery Castle und den dazugehörigen Barockgarten. Nach dem Großbrand vom 1. Mai 2001, bei dem sowohl die Gebirgsbahn als auch die Grand-Canyon-Bahn irreparabel beschädigt wurden und in dessen Folge der Park für zwei Wochen geschlossen wurde, entstand an der entsprechenden Stelle allerdings die Raftinganlage „River Quest“, die aufgrund des begrenzten Platzes auf mehrere Fahrebenen ausgedehnt werden musste. Außerdem beherbergt das Gebäude von River Quest den Veranstaltungsraum „Marco Polo“.

Anfang 2014 wurden die Reste der Westernstadt „Silver City“ sowie die Hacienda Don Pedro und die Reste des ehemaligen mexikanischen Eingangs entfernt. Auf der dadurch frei gewordenen Fläche entstand die neue Themenwelt „Klugheim“, die am 22. Oktober 2014 ihre erste offizielle Ankündigung erhielt. Im Jahr darauf wurde bekannt, dass dort zwei Achterbahnen entstehen würden: Der Multi-Launch-Coaster „Taron“ und der Family-Boomerang „Raik“. Die neue Themenwelt wurde am 30. Juni 2016 offiziell eröffnet. Neben den beiden Achterbahnen beherbergt sie die drei gastronomischen Anhaltspunkte „Heißer Baldur“, „Kornmüllers Crêpes“ und „Rutmors Taverne“. Der Name der Themenwelt leitet sich von der Geschichte ab, dass die klügsten Bewohner des Landes sich in einem Dorf versammelt haben, um ihre Erfindungen an den Mann zu bringen. Laut einer Aussage des Parks haben die Planungen an Klugheim ungefähr vier Jahre in Anspruch genommen. In der neuen Themenwelt befinden sich rund 200 Bäume und Sträucher, die in das Ambiente passen.