Der Grundstein für den Themenbereich Mystery wurde im Jahr 1997 gelegt, als hinter den beiden Bobbahnen die Mystery-Castle-Baustelle sichtbar wurde. Im Jahr darauf wurde der Bungee Drop Tower eröffnet und lud die Fahrgäste zu einer einzigartigen Vertikalfahrt ein. Da das Mystery Castle die Höhenbestimmungen des Parks überragte, musste man das überschüssige Volumen dieser Attraktion an anderen Stellen kompensieren.
Von 1998 bis 2001 bestand der Themenbereich Mystery nur aus dem Mystery Castle und dem dazugehörigen Barockgarten. Nach dem Großbrand vom 01. Mai 2001, bei dem sowohl die Gebirgsbahn (1975 - 2001) als auch die Grand-Canyon-Bahn (1978 - 2001) irreparabel beschädigt wurden und in dessen Folge der Park für zwei Wochen geschlossen wurde, entstand an gleicher Stelle allerdings die Raftinganlage River Quest, die aufgrund der begrenzten Fläche auf mehrere Fahrebenen verteilt werden musste. In den Gemäuern von River Quest befindet sich außerdem der Event- und Veranstaltungsraum Marco Polo.
Anfang 2014 wurden die Reste der Westernstadt Silver City und die Hacienda Don Pedro abgerissen. Auf dem dadurch freigewordenen Areal entstand die Themenwelt Klugheim, die am 22. Oktober 2014 offiziell im Park angekündigt wurde. Im Jahr darauf wurde bekannt, dass dort zwei Achterbahnen entstehen würden: Ein Multi-Launch-Coaster namens Taron von Intamin und ein Family-Boomerang namens Raik von Vekoma.
Klugheim wurde am 30. Juni 2016 eröffnet. Neben den beiden Achterbahnen beherbergt die Themenwelt ein paar gastronomische Anhaltspunkte: Den Heißen Baldur, die Humpenbude, Kornmüllers Crêpes und das À-la-carte-Restaurant Rutmors Taverne. Der Name der Themenwelt leitet sich von ihrer Geschichte ab, laut der die klügsten Bewohner des Landes sich in einem Dorf versammelt haben, um die Kräfte der Natur für ein technisch fortschrittliches und wohlständiges Leben zu nutzen. Die Geschichte von Klugheim wurde in einem 108 Seiten umfassenden Magazin abgedruckt, das wenige Tage nach der Eröffnung publiziert wurde. Außerdem hat die Musikproduktionsfirma IMAscore für Klugheim einen Soundtrack komponiert, den man sowohl im Park kaufen als auch über digitale Plattformen erwerben kann.
Laut Sebastian Jonas, dem Projektentwickler des Phantasialandes, haben die Planungen an Klugheim ca. vier Jahre in Anspruch genommen. In der Themenwelt befinden sich rund 200 verschiedene Bäume und Sträucher, die in das rustikale Ambiente passen. Allein von den schwarzen Grasbüscheln wurden ungefähr 20.000 Stück im Gelände verteilt. Ferner haben über 280.000 Pflastersteine ihren Weg nach Klugheim gefunden.
Seit dem 04. April 2009 ist der Drache Schneck der Charakter vom Themenbereich Mystery.
