Der Grundstein vom Themenbereich Berlin wurde im Jahr 1970 gelegt. Damals hieß die Themenwelt noch Alt Berlin. Der rund 3.500.000 DM teure und 35.000 m² große Bereich öffnete seine Tore am 21. März 1970. Die Eröffnung wurde zum Anlass genommen, um die historische Fahrt des Eisernen Gustav nachzustellen: Horst Schwabe, ein Berliner Droschkenkutscher, fuhr am 09. März 1970 mit einer im Jahr 1889 erbauten Droschke und seinem Pferd namens Puppe vom Brandenburger Tor in Berlin ab und traf pünktlich zur Eröffnung im Phantasialand ein. Dabei wurde er nicht nur von Presse, Funk und Fernsehen begleitet, sondern trug auch das Kostüm des Eisernen Gustav. In Vertretung des regierenden Bürgermeisters von Berlin, Klaus Schütz, hielt Senatsdirektor Dr. Heinrich Weyer die Eröffnungsansprache. Die Themenwelt entstand mit Unterstützung des Landeskonservators von Berlin und des Kindler Verlages München.
Aber wieso fiel die Wahl des ersten Themenbereichs ausgerechnet auf Alt Berlin? Ganz einfach, dort haben sich die beiden Gründer des Phantasialandes, Gottlieb Löffelhardt (25.12.1934 - 07.07.2011) und Richard Schmidt (22.08.1926 - 16.05.2020), nach dem Zweiten Weltkrieg kennengelernt. Zu diesem Zeitpunkt reiste Gottlieb Löffelhardt noch als Schausteller von Kirmes zu Kirmes, während Richard Schmidt sich einen Namen im Showgeschäft gemacht hatte.
Als der Themenbereich Alt Berlin eröffnet wurde, erfüllte er größtenteils noch die Funktion einer klassischen Main Street: Die Besucher sollten sich im Park verteilen. Gleichzeitig gab es hier Nachbauten vom Brandenburger Tor und vom Neptunbrunnen im Maßstab 1:2 zu bestaunen.
In den ersten Jahren lud nur der Wintergarten die Gäste dazu ein, sich länger in Alt Berlin aufzuhalten. Das Varieté-Theater wurde im Jahr 1970 eröffnet und bietet seitdem Premium-Shows an, die häufig internationale Beachtung fanden und entsprechende Auszeichnungen erhielten. In der Folgezeit entwickelte sich der Bereich jedoch weiter: Im Jahr 1977 wurde die Scala errichtet, in der man den Besuchern mit der Affenshow Klimbimski das erste elektronische Puppentheater Deutschlands zur Verfügung stellte. Darüber hinaus wurden in Alt Berlin mit der Zeit einige gastronomische Angebote untergebracht. Am Bekanntesten dürfte in dieser Hinsicht das Selbstbedienungsrestaurant sein, das heute auf den Namen Unter den Linden hört.
Die größten Baumaßnahmen im Themenbereich Berlin erfolgten von 1998 auf 1999, von 2008 bis 2011 und von 2016 bis 2020. In der Winterpause 1998/1999 wurden restlos alle Fassaden der Themenwelt umgestaltet und mit wesentlich mehr Details versehen. Außerdem wurde die Scala zum Schauspielhaus umthematisiert, in dem bis heute der Film "Pirates" mit Leslie Nielsen und Eric Idle in den Hauptrollen zu sehen ist.
In den Jahren 2008 und 2009 wurden die Nachbauten vom Brandenburger Tor und vom Neptunbrunnen abgerissen. Ferner wurden nach und nach die Gondelbahn 1001 Nacht, der Walzertraum, Bolles Spieleland und die Reste vom Kinderland entfernt, um Platz für Neuheiten zu schaffen. Das im Jahr 1998 eröffnete Pferdekarussell, das sich früher hinter dem Brandenburger Tor befand und inzwischen am Eingang Berlin steht, ist mittlerweile die älteste Attraktion der Themenwelt Berlin. Die restlichen Fahrgeschäfte wurden allesamt zwischen 2009 und 2020 eröffnet: Bolles Flugschule (Flugkarussell), Bolles Riesenrad (Riesenrad), der Wellenflug (Kettenkarussell), Maus-au-Chocolat (interaktive Themenfahrt), das verrückte Hotel Tartüff (Funhouse) und F.L.Y. (Flying Launch Coaster). Letzterer ist Bestandteil der am 17. September 2020 eröffneten Themenwelt Rookburgh, die einen industriellen Kontrast zum sonst eher prunkvoll gestalteten Bereich aus der Kaiserzeit darstellt. Die Bauarbeiten an Rookburgh haben viereinhalb Jahre in Anspruch genommen.
Erwähnenswert ist außerdem der Kaiserplatz, der 2010 als Entstehung einer neuen Mitte angekündigt und im Jahr darauf fertiggestellt wurde. Sowohl in der Sommersaison ("Drakar'ium") als auch in der Wintersaison ("Die magische Rose" / "The Magic Rose - Spirit of Light") waren hier jahrelang Abschlussshows zu sehen. Ferner ist anzumerken, dass der Kaiserplatz in der Wintersaison in einen Weihnachtsmarkt inklusive Eisfläche verwandelt wird und Standort des Weihnachtsbaumes ist.
Seit dem 04. April 2009 ist der Drache Drago der Charakter vom Themenbereich Berlin.
