Obwohl das Haus der 6 Drachen alle sechs Themenbereiche behandelt und zwei verschiedene Zugänge besitzt, wird es im Park-Guide dem Themenbereich Berlin zugeordnet.

Genau wie der Park wurde auch der Shop in die sechs einzelnen Themenbereiche gegliedert. Die Ausnahme bildet hierbei eine kleine Stelle gegenüber der ersten Kasse, die allgemeine Souvenirs aus dem Park verkauft. Für die aufgegliederten Abteile wurden plastische Abbilder der sechs Drachen erstellt: Drago liest ein Buch, Kroka sitzt auf einer Palme und winkt den Besuchern zu, Quetzal tanzt, Schneck wacht über über seinen als Burg thematisierten Bereich und Phenie betrachtet sich in einem Handspiegel. Nur Wangs ist nicht komplett zu sehen. Hier wurde lediglich ein graues Abbild seines Gesichts erstellt und an einer Wand befestigt.

Passend zu den Themenbereichen gibt es im Shop entsprechende Angebote, die innerhalb einer Saison stets erweitert werden. Neben den vielen auf die Drachen zugeschnittenen Souvenirs (zum Beispiel Plüschfiguren, Taschen, Tassen, Magnete, Frühstücksbretter, Spiele, Figuren, Bälle, Schulartikel, T-Shirts oder Headphones) existieren auch viele Artikel, die sich an der Jahreszeit orientieren. So umfasst das Angebot während der Sommersaison beispielsweise Strandtücher, Sonnenbrillen und Schwimmhilfen, während in der Wintersaison Handwärmer, Handschuhe, Schals und Christbaumschmuck angeboten werden.

Im Haus der 6 Drachen erhalten Inhaber eines Premium-Passes auf ihre Einkäufe 30% Rabatt.